Najveći dio ove zbirke nabavljen je hidroarheološkim istraživanjem podmorskih lokaliteta, a sastoji se od tisuću pedeset i pet predmeta.
Sadržava nalaze iz uvale Vratnik, rta Glavata (kraj I. i početak II. st. p. Krista), Polača, Sobre (početak IV. st.) i Stobe (IX. – X. st.) na otoku Mljetu. U stalnom je postavu izložen manji dio predmeta s nekih lokaliteta.
Posebni su nalazi s lokaliteta kod rta Glavata i Stoba na otoku Mljetu.