Najveći su dio zbirke primjerci romaničke, gotičke, renesansne i ranobarokne kamene skulpture i arhitektonske plastike. Od sitnog materijala najbrojniji su metalni predmeti - nakit, brave, ključevi, škare, dijelovi brodskih šestara, a manji broj čine predmeti od kosti i ostatci fresko-slikarstva.

Kameni spomenici skupljali su se od osnutka Domorodnog muzeja 1872., marom zaljubljenika u starine i prvim arheološkim iskapanjima a čuvali su se u crkvi sv. Stjepana, u prizemlju bivše žitnice Rupe, u tvrđavi Bokar i u predziđu do Vrata od Pila. Glavnina predmeta nađena je u novijim arheološkim istraživanjima, koja su prethodila radovima na obnovi baroknih kuća i palača unutar dubrovačkih zidina i pojedinih spomenika u neposrednoj okolici, nakon potresa 1979. i bombardiranja povijesne jezgre u Domovinskom ratu 1991.

Istraživanjima su bili obuhvaćeni  i vrtovi koji su nastali kao svojevrsni deponiji nakon raščišćavanja palača i kuća srušenih u katastrofalnom potresu 1667. Na svjetlo dana izišli su tako raznovrsni nalazi samostanske, crkvene i gradske arhitekture, koji nikada nisu obnovljeni.