Zbirka čuva bogatu materijalnu građu iz najstarijih početaka naseljavanja istočne jadranske obale, s tim da većina nalaza pripada razdoblju mlađega kamenoga doba, odnosno neolitika.

Najvrjednije nalaze dala su istraživanja pelješke špilje Gudnje iznad Stona. Brojan i raznovrstan materijal iz debelih kulturnih slojeva Gudnje stvoren je tijekom dugoga kronološkog raspona, od ranog neolitika do srednjeg brončanog doba. Neolitički slojevi zastupljeni su u svim svojim fazama: rani neolitik - impresso-kultura, srednji neolitik – gudnja ili velolučka kultura te kasni neolitik – hvarsko-lisičićka kultura, vremenski kroz gotovo cijelo 6. i 5. tisućljeće prije Krista. Međutim, najznačajniji dio kulturnog sadržaja je keramika srednjeg neolitika s bogatim geometrijskim ukrasima, najčešće crvene boje na svijetloj pozadini, zbog čega se ova faza neolitika ponekad naziva gudnja kulturom.

Pored nalaza iz Gudnje, ova zbirka sadržava i brojne pojedinačne nalaze, prije svega razne oblike kamenih sjekira pronađenih na širem području od Konavala do otoka Korčule.